Parmi les différents commandants, on retrouve :

• Commandant Alpha, le célèbre instructeur Alpha-17. Tout comme Shaak Ti, il restait toujours sur Kamino et devint alors son commandant clone.
• Commandant Bacara (matricule : CC-1138), sous les ordres de Ki-Adi-Mundi après le Commandant Jet.
• Commandant Barrage, à l'armure modifiée ornée de pics pointus. Il est le sous les ordres d'Agen Kolar.
• Commandant Bly (matricule : CC-5052), sous les ordres d'Aayla Secura.
• Capitaine Breaker, à l'armure grise modifiée. Il participa activement à la 2^e bataille de Géonosis.
• Commandant Brolis (matricule : CC-2341)sous les ordres de Cin Drallig. Puisque ce dernier restait toujours au Temple Jedi pour instruire les Novices au sabre laser, il ne participa à aucune mission.
• Commandant Cody (matricule : CC-2224), sous les ordres d'Obi Wan Kenobi.
• Commandant Deviss, sous les ordres de Barriss Offee. Il est tué dans l'enlèvement de Barriss et lui par Shu Mai, en 19 av.BY. Aayla Secura et la 327^e Légion n'arrivèrent à temps que pour secourir la Jedi.
• Commandant Faie, sous les ordres de Quinlan Vos. Il est tué par Yoda sur Kashyyk après que son supérieur eut quitté l'Ordre Jedi et Palpatine ait lancé l'Ordre 66.
• Commandant Excel, sous les ordres d'Adum Snorrug dans la 507e Légion. Ce dernier aura refusé l'Ordre 66 et sera la première réussite du test d'Alpha-17 visant à stopper le vieillissement accéléré. Il se joindra à l'Alliance rebelle.
• Commandant Fil, sous les ordres de Kit Fisto dans la 200e Légion. Il mourut en tentant d'arrêter le Général Grievous sur Vassek.
• Commandant Fox (matricule : CC-7865) commandant A.R.C. , codirigeant des soldats de choc sur Coruscant, il se charge principalement du réseau pénitencier.
• Commandant Gree (matricule : CC-1004), sous les ordres de Luminara Unduli.
• Commandant Jet, sous les ordres de Ki-Adi-Mundi dans la 222^e légion, avant d'être remplacé.
• Capitaine Herc, sous les ordres de la Mon Calamari Bant Eerin.
• Capitaine Lock, sous les ordres d'Eeth Koth. Ensemble, ils commandent la 313^e Légion.
• Commandant Neyo (matricule : CC-8826), sous les ordres de Stass Allie dans la 91^e Légion.
• Commandant Ponds, sous les ordres de Mace Windu, il fut tué par Boba Fett sous la pression de la chasseresse de primes Aurra Sing en tant qu'otage.
• Capitaine Rex (matricule CC-7567), sous les ordres d'Anakin Skywalker dans la 501^e Légion.
• Commandant Sline, sous les ordres de Saesee Tiin. Il était apprécié de son supérieur car, comme lui, il était talentueux au combat spatial. Mais il mourut sous les yeux de Tiin, Adi Gallia et Kit Fisto pendant la bataille de Lola Sayu.
• Commandant Stone, connu pour n'avoir aucun Général Jedi à ses côtés. Il aida Jar Jar Binks à délivrer Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi pendant la 1^re Bataille de Florrum.
• Capitaine Sheil, sous les ordres de Track Lomdumdi.
• Commandant Thire (matricule : CC-4477) codirigeant des troupes de choc clones sur Coruscant. Il fut pendant un moment, alors qu'il était Lieutenant, assigné pour Yoda.
• Commandant Tuquo, sous les ordres d'Even Piell. Il fut emprisonné avec son chef sur Lola Sayu, où ils moururent en tentant de s'évader.
• Commandant Vargus, chef de la compagnie Excelsior.
• Commandant Wolffe, sous les ordres de Plo Koon dans la 104^e Légion.